เนื่องจากต่อมากจำนวนตัวอย่างเพิ่มมากขึ้น ทำให้พื้นที่เดิมมีความคับแคบ ไม่เพียงพอที่จะใช้เก็บตัวอย่างทางกายวิภาคที่มีอยู่ทั้งหมดได้ รวมทั้งบริเวณที่เก็บรักษายังเป็นพื้นที่ห้องปฏิบัติการเพื่อการเรียนการสอนเป็นหลัก มีการเคลื่อนย้ายตัวอย่าง และหากมีการเรียนการสอนเกิดขึ้นจะไม่สามารถเปิดให้เข้าชมได้ ทำให้ไม่สามารถจัดตั้งเป็นพิพิธภัณฑ์ถาวรได้ ในปี พ.ศ. 2560 ภาควิชาชีวศาสตร์ทางสัตวแพทย์และสัตวแพทย์สาธารณสุขนำโดย ศ. ดร.น.สพ.กรกฎ งานวงศ์พาณิชย์ หัวหน้าภาควิชาฯ ในขณะนั้น จึงมีโครงการปรับปรุงห้องจัดแสดงใหม่ในชื่อ “พิพิธภัณฑ์กายวิภาคและพยาธิวิทยาทางสัตวแพทย์” เพื่อจัดแสดงตัวอย่างทางกายวิภาคและพยาธิวิทยาให้มีความสวยงาม เป็นแหล่งเรียนรู้ให้แก่ นักเรียน นักศึกษา และบุคคลทั่วไป โดยงบประมาณสำหรับการปรับปรุงห้องทั้งหมดได้จากเงินบริจาคจากผู้มีจิตศรัทธา จนสามารถดำเนินการปรับปรุงได้แล้วเสร็จในปี พ.ศ.2562 และได้มีกำหนดการเปิด“พิพิธภัณฑ์กายวิภาคและพยาธิวิทยาทางสัตวแพทย์” อย่างเป็นทางการในวันที่ 21 มีนาคม พ.ศ.2563 แต่เนื่องมาจาก สถานการณ์แพร่ระบาดโรค COVID-19 ทำให้กำหนดการพิธีเปิดได้ถูกเลื่อนออกไป แต่ทางพิพิธภัณฑ์ ก็ได้เปิดให้บริการแก่นักเรียนนักศึกษาและประชาชนทั่วไป ตั้งแต่นั้นมาจนสถานการณ์โรคระบาดคลี่คลายลงจึงจะได้มีพิธีเปิดอย่างเป็นทางการอีกครั้งเมื่อวันอังคารที่ 19 เมษายน 2565 โดยมี ศาสตราจารย์คลินิก นายแพทย์นิเวศน์ นันทจิต อธิการบดีมหาวิทยาลัยเชียงใหม่ ประธานในพิธี